أُسست كلية العلوم مع تأسيس جامعة النهرين في عام 1988 بسبب الحاجة الى انشاء مؤسسة اكاديمية ترعى الطلبة المتفوقين من خلال برامج متميزة في التعليم والبحث والتدريب لتكون كوادر مؤهلة للإسهام في تنمية المجتمع. وقد ضمت حينذاك ثلاثة أقسام فقط هي قسم الكيمياء، قسم الفيزياء، وقسم الحاسوب. ثم أستحدث قسم الرياضيات وتطبيقات الحاسوب عام 1990 وقسم التقانة الإحيائية عام 1994، لتصبح كلية العلوم مكون أكاديمي يضم خمسة أقسام علمية تسعى الى تكوين قاعدة متميزة للعلوم الأساسية ذات خطط وبرامج دراسية متميزة تفي بمتطلبات المعايير الأكاديمية العالمية التي تؤهلها لمنح شهادات البكالوريوس والماجستير والدكتوراه في تخصصات العلوم الصرفة والتطبيقية.

وقد ساهمت الكلية في إعداد متخصصين في حقول العلم والمعرفة والتقنيات وتزويدهم بالإمكانيات اللازمة لمواصلة البحث ومواكبة التطور الهائل في مجال البحث العلمي والتكنولوجيا، بالإضافة إلى نشر ثقافة الإبداع في مجال العلوم الأساسية والانفتاح على متطلبات المجتمع وسد احتياجاته. وقامت الكلية من خلال أقسامها بأعداد الخطط البحثية العلمية وتشجيع المشاريع الاستراتيجية فضلاً عن نشاطاتها في إقامة علاقات تعاون وتبادل معرفي مع المؤسسات العلمية داخل القطر وخارجه عن طريق المشاركة في المؤتمرات والندوات المحلية والدولية من اجل خلق الفرص لتدريسي الكلية لتبادل الخبرات ونتائج التجارب والأبحاث. ونتيجة لذلك، حصلت الكلية على العضوية في جمعية كليات العلوم في اتحاد الجامعات العربية عام 2008. ومن اجل مواكبة التطور السريع في تكنولوجيا العلوم، تعمل الكلية على نشر الثقافة في الوسط الجامعي من خلال إقامة دورات تدريبية فضلاً عن عقد الندوات وإلقاء المحاضرات العلمية والحلقات النقاشية في المجالات العلمية والحياتية المختلفة.

ولتجسيد دور الكلية في خدمة المجتمع، أُسس المكتب الاستشاري عام 2004 ليقدم خدماته لدوائر الدولة ومؤسساتها المختلفة، في حين يعمل مركز التعليم المستمر في الكلية على تنظيم وتنفيذ البرامج التعليمية والتدريبية وذلك بعقد الدورات المختلفة في اللغة الانكليزية وتكنولوجيا المعلومات للطلبة والمستفيدين من داخل الكلية وخارجها بما يحقق تطوير قابلية المشتركين في المهارات العلمية والتدريبية.

ان التطورات الحديثة في العلوم والمجالات الأكاديمية المختلفة ادت إلى تزايد الاهتمام بالجودة الأكاديمية، وأصبحت قضية الجودة وضمانها والتأكيد عليها هي بؤرة الاهتمام على جميع المستويات من أجل الوصول بالخريجين إلى مستوى المعايير المعترف بها عالمياً وليكونوا قادرين على المنافسة المحلية والإقليمية والعالمية. ومن اجل ضمان استمرارية التعليم المتميز اعتمدت الكلية تطبيق نظام ضمان الجودة التعليمية في كافة فعالياتها التعليمية والبحثية والنشاطات الأخرى لضمان تقديم برامج أكاديمية عالية الجودة والحصول على التميز في هذا المجال.

تصدر كلية العلوم ومنذ العام 1996 مجلة علمية متخصصة ومحكمة تهدف إلى نشر نتاج الباحثين باللغتين العربية والإنكليزية ضمن تخصصات الأقسام العلمية الموجودة في الكلية بعد إجراء تقويم علمي ولغوي للبحوث لضمان رصانتها بما يحافظ على المستوى العلمي للمجلة.